Spočiatku Hruštín bol filiálkou Lokce (fília=dcéra), ktorá bola založená na sklonku 16. stor. Jurajom Thurzom. Bola to najstaršia zamagurská fara a slúžila všetkým tunajším obciam. Hruštínčania to mali dosť ďaleko do kostola, keď bolo treba ísť do Lokce v nedele a sviatky na bohoslužby, pokrstiť dieťa, zosobášiť sa, vybaviť pohreb,… Aby nemuseli veriaci z obce dochádzať do vzdialenej Lokce, postavili si v roku 1631 v Hruštíne drevený kostol pod vedením šoltýsa Michala Lukáčika. Stál v ulici Dedina, 75 m poniže terajšieho kostola smerom na Babín, na mieste prvého cintorína, kde neskôr  bola postavená jednoposchodová murovaná škola, dnes je to budova pošty. Drevený kostol posvätil evanjelický superintendent Joachim Kalinka v roku 1666, keďže v tom čase bola Orava evanjelická, pretože zemepáni mali toto vierovyznanie. V roku 1706 superintendent Daniel Krman vizitoval hruštínsky kostol, ktorý ešte stále patril luteránom, i keď farský kostol v Lokci v tom čase bol už katolícky. V roku 1712 hruštínsky kostol už ako katolícky posvätil belgradský biskup Natali. V júni roku 1970 kostolík bol zväčšený tak, že ku ľavej strane sanktuária pristavili sakristiu a tiež doplnili si vnútorné zariadenie kostola, zadovážili si nový hlavný oltár a ten, čo do tých čias mali ako hlavný umiestnili ku bočnej stene v kostole.

V roku 1787 bola v Hruštíne zriadená samostatná farnosť s pridelenými obcami ako filiami Babínom a Vaňovkou. Miestna fara patrí k tým, ktoré boli založené počas vlády Jozefa II. Prvým farárom bol Pavol Szlavkay, predtým spišský kaplán. V roku 1801 odišiel na lokčiansku faru. Od 16.5.1802 druhým farárom bol Ferdinand Krausz. Po ňom boli kňazi Jakub Krapčinovský a Matúš Zárubský. Potom od roku 1857 Andrej Šaliga. V roku 1822 bola z prostriedkov Fondu religionis postavená murovaná farská budova. V roku 1995 sa osamostatnila farnosť Babín.
Po zriadení farnosti postavili v Hruštíne novú drevenú školu, ktorá stála oproti kostolu do roku 1950. V roku 1980 postavili farníci novú školu oproti kostolu na ľavej strane, ktorá stála do roku 1935. Napokon rímskokatolícka škola už murovaná bola postavená na mieste prvého cintorína a kostola.
Farský kostol sv. Jána Krstiteľa sa nachádza približne v strede obce na križovatke hlavnej cesty z Oravského Podzámku do Babína. Keďže starý drevený kostol v obci bol v zlom stave, ľudia začali uvažovať o stavbe nového murovaného objektu. Podľa miestnej tradície obyvatelia nemali jednotný názor, na ktorom mieste má byť nový kostol postavený. Miesto, kde stál starý kostol, na to nebolo vhodné. Niektorí obyvatelia chceli, aby stál na súčasnom mieste, iní uprednostňovali miesto na začiatku Črchle. Tu sa rozprestiera mierna vyvýšenina, nazývaná dodnes Kostolná. Vyčlenili tu miesto pre kostol aj faru, ale kostol tam nepostavili. Neskôr tam bola postavená kaplnka sv. Anny. Dnes je v nej umiestnené súsošie sv. Anny a jej dcéry Panny Márie, Okolo roku 1930 pridali tam ešte dve kamenné sochy sv. Petra a Pavla, ktoré pôvodne boli nad prístreškom vchodu (pitvorca) do kostola, ktorý bol do roku 1970 v bočnej stene od cesty.
Samotný kostol začali stavať v roku 1811. Finančné krytie stavby umožnil Náboženský fond, ktorý vznikol za vlády cisára Jozefa II. Kostol v Hruštíne bol vystavaný počas pôsobenia farára Andreja Šaligu. V kanonickej vizitácii z roku 1833 sa spomína, že kostol bol dokončený v roku 1821 avšak ako naznačuje vročenie na hlavnom portáli, už v roku 1820 bol používaný.
Tento farský kostol posvätil Ján Nepomuk Hámorík, námestovský farár a dekan. Zo starého kostola do nového premiestnili iba niekoľko predmetov. Spomína sa starý organ, dva veľké zvony, kazateľnica, krstiteľnica a pár obrazov. Postupne bol kostol vymaľovaný a vybavený novým kostolným inventárom.
Od čias vzniku bol objekt mnohokrát renovovaný a opravovaný. V roku 1956 bola vymenená strecha na kostol, boli opravované aj kostolné múry a odstránená predsieň kostola. Ďalšia oprava bola v 70. rokoch 20. stor. pri nej zrušili vchod od cesty a vytvorili nový na druhej strane od záhrady. V roku 1900 osadili do veže kostola vežové hodiny, Posledná rekonštrukcia objektu prebehla v roku 1992 a po nej bol 15.augusta 1992 kostol konsekrovaný. V roku 2002 došlo k výmene krytiny veže za novú medenú. V roku 2012 bola urobená nová farebná fasáda kostola. V roku 2019 bol celý interiér kostola vymaľovaný.

Kostol je príkladom typu stavieb, ktoré boli stavané na prelome 18. a 19. stor. na Orave. Boli to pomerne jednoduché účelné navrhnuté objekty, finančne dostupné pre menšie farnosti s primeranou skromnejšou výzdobou. Slohovo ich môžeme zaradiť do obdobia klasicizmu, ale nachádzajú sa v ňom aj staršie neskorobarokové pozostatky.
Kostoly sú jednoloďové s mierne predstavenou alebo vstavanou vežou, zúženou pravouhlou svätyňou a k nej pristavenou sakristiou. V interiéri sú zaklenuté pruskými klenbami spočívajúcimi na masívnych prístenných pilastroch. Pri veži sa nachádzali drevené, neskôr murované empory, na ktorých umiestnili organ. Exteriér mal jednoduchú výzdobu tvorenú lizénami alebo lizénovými rámami.

Klenby nášho kostola vymaľoval onedlho po jeho dokončení známy oravský umelec, v tom čase nižniansky farár Ján Drengubjak, rodák zo Zázrivej. Podľa správ vieme, že v presbytériu sa na klenbe nachádzali scény zo života sv. Jána Krstiteľa: narodenie sv. Jána Krstiteľa, krst Pána Ježiša v rieke Jordán, sv. Ján vo väzení v rozhovore s Herodesom a smrť sv. Jána Krstiteľa, výjav s mŕtvym svätcom, katom s mešcom a Salome s Jánovou hlavou na tácke. Na čelnej strane víťazného oblúka boli zobrazení 12 apoštoli. Tieto maľby boli v roku 1949 zakryté bielou premaľbou.
V kostole sa nachádzajú oltáre, ktoré vyhotovila na začiatku 20.stor Prinothova dielňa z Tirolska a dielňa Františka Repčíka zo Spišskej Novej Vsi. Hlavný oltár je zasvätený sv. Jánovi Krstiteľovi, s ústrednou témou krstu Ježiša Krista. Bočné oltáre sú zasvätené Božskému Srdcu Ježišovmu a Matke Božej. Organ z dreveného kostola bol v roku 1855 nahradený novým nástrojom. V súčasnosti sa na empore nachádza moderný organ. V oknách kostola sú farebné vitráže osadené v 70. rokoch 20. stor a vyhotovené podľa výtvarnej predlohy Mikuláša Klimáčka, ktoré boli nedávno renovované. Je na nich zobrazená Panna Mária a rôzni svätí a sväté. Kostol má vo veži umiestnených až šesť zvonov.